2日目を迎えたF1第2戦マレーシアGPは、予選に向けての最後のフリー走行と、公式予選が予定通り行われた。土曜日のセパン・インターナショナル・サーキットは、気温は前日と同様、蒸し暑かったが、上空にはところどころ雲が立ちこめ、路面温度は前日よりもやや低めとなった。

路面温度が急激に上がった前日の午後フリー走行で、突然グリップ不足に悩まされた2台のパナソニック・トヨタ・レーシングは、路面温度が直前に行われたセパン合同テストと似たようなコンディションになったことにも助けられて、ラルフ・シューマッハは9番手、ヤルノ・トゥルーリはセッション終盤に電気系トラブルに見舞われて20番手に終わったが、16周を走行して予選に向けてのセッティングに手応えをつかんで、午前中のセッションを終えた。

気温34℃、路面温度49℃でスタートした予選第1ピリオド。ともに1分35秒台を記録して、危なげなく第2ピリオド進出を決めたR・シューマッハとトゥルーリは、この第2ピリオドでも自己ベストを更新して、トップ10に入る快走を見せるのである。トップ10のドライバーで争われる最終ピリオドは、2人とも1回のみのアタックとなったため上位進出はならなかったが、トゥルーリが8番手、R・シューマッハも9番手に続いて、オーストラリアGPに続き2戦連続で、ポイント獲得が狙えるトップ10内からのスタートを2台そろって決めた。

なお、予選はフェリペ・マッサ（フェラーリ）が今季初、昨年の最終戦ブラジルGP以来、通算4回目となるポールポジションを獲得。タイムは1分35秒043だった。